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由于身体的生殖系统存在某些抗原，在一定条件或外界刺激下，会产生自身免疫或同种免疫，继而产生相应的抗体，影响生育。免疫性不孕原因的原因很复杂，有可能是器质性的，也有可能是先天性的，这种遗传因素导致的不孕不好治疗。
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男女双方由一方的生殖道被感染，就容易引起女方产生抗精子抗体。精液中含有糖蛋白有免疫抑制作用，导致女方产生抗精子抗体，抗体能促进巨噬细胞的吞噬功能，以便从生殖道清除精子，精子与卵子不能结合，自然也就不能是女方受孕了，所以这种原因导致的不孕症不但是女性的原因。